A Bungie részletesen ismertette, mire számíthatnak a játékosok a Marathon indulásakor, és megerősítette, hogy a játék szezonális wipe rendszerrel működik majd. Ez azt jelenti, hogy néhány havonta minden játékos elveszíti a felszerelését, mivel az új szezonok teljes előrehaladási nullázást hoznak. A fejlesztők szerint minden szezon egy tiszta lappal indul. Visszaáll a felszerelés, a contractok és a frakciós előrehaladás, valamint a játékosszint is. Ugyanakkor a kozmetikai tárgyak, címek, achievementek és a Codex fejlődése megmarad, ahogy a frakciók újbóli feloldásához szükséges liaison contractok teljesítése sem vész el.
A Marathon március 5-én rajtol az első szezonnal, amely a First Step nevet kapta. A rajttal együtt közösségi esemény is indul, amelynek célja az orbitális pálya és a negyedik zóna, a Cryo Archive feloldása. Ez az endgame terület a Marathon űrhajón kap helyet, ahol a játékosok biztonsági rejtvényeket oldanak meg, fagyott páncéltermeket nyitnak fel, és egy titokzatos entitással is szembekerülnek, amelytől még az UESC is tart. Március második felében érkezik a Ranked mód is, amely exkluzív jutalmakat kínál majd.
Induláskor a játék hat frakciót - köztük a Sekiguchi Genetics-et -, hat Runner shellt, valamint három zónát vonultat fel, köztük az Outpostot, amely a megjelenés utáni napon nyílik meg a 12-es Runner szintet elérő közösség számára. A játék induláskor 28 fegyverből választhatunk különféle módosítókkal és fejlesztésekkel.
A második szezon, a Nightfall már most bemutatkozott. Érkezik majd a Dire Marsh éjszakai változata, egy új Runner shell, új fegyverek és contractok, valamint a Cradle rendszer, amely nagyobb szabadságot ad a karakter statisztikáinak testreszabásában. A Bungie célja, hogy a Marathon világa szezonról szezonra érezhetően változzon és fejlődjön.
