Manapság nagy divat egy-egy jól sikerült mű (legyen az film, könyv, játék) előzményeit elkészíteni. A mostani flashjátékkal, Final Ninja Zero-val, is ez a helyzet. 2028-ban járunk, 40 évvel a Final Ninja előtt. A világot mindenféle gonosz, magánhadsereget fenntartó, nagyvállalatok uralják. A főszereplő, Takeshi, itt még friss hús, nemrég hagyta el a Gyilkosképző Akadémiát. Első feladataként rögtön el kéne tennie láb alól az egyik rivális vállalat fejét. Sajnos, nem minden megy úgy mint a karikacsapás, Takeshi-t az első fél percben elfogják és bezárják az épület legmélyebb bugyrába.
Nagyjából itt kezdődik el az igazi játék. Robotokat, szuperhumán katonákat leölve, lézer érzékelőket kicselezve kell végigjárni hosszú utunkat, mielőtt szembenézhetnénk a nagyfőnökkel. Szerencsére Taheshi-t minden olyan speciális trükkre megtanították az iskolában, amire minket nem: függőleges falmászás surikennel, ugyanez a gyakorlat csupasz lábbal, shurikenes nindzskötél használat, láthatatlanná válás és egyéb nyalánkságok.
