A Matrix filmek rendezői, Lana és Lilly Wachowski a '90-es évek végén megkeresték Hideo Kojimát, a Metal Gear sorozat legendás alkotóját, hogy ő készítse el a film videojátékos adaptációját. A Time Extension beszámolója szerint viszont a projekt végül azért nem valósult meg, mert a Konami vezetése lelőtte az ötletet.
A történet 1999 végére nyúlik vissza, amikor a Matrix az egész világot meghódította. A NextGen magazin akkori beszámolója szerint Kojima neve felmerült a film videojáték-verziójának fejlesztőjeként, és a Wachowskik személyesen is találkoztak a japán fejlesztővel a Konami tokiói központjában.
"A Wachowskik hatalmas Kojima-rajongók voltak. Felhívtak bennünket, hogy szeretnének vele találkozni, és be is jöttek a stúdióba a koncepciós művészükkel. Azt mondták: 'Szeretnénk, ha te készítenéd el a Matrix-játékot. Meg tudnád csinálni?' Amire Kazumi Kitaue, a Konami egyik vezetője egyszerűen csak annyit válaszolt: 'Nem.'"
- mondta a Konami akkori licencigazgatója, Christopher Bergstresser.
A Konami azt akarta, hogy Kojima a Metal Gear Solid folytatására koncentráljon, amelyet ekkoriban fejlesztettek Sons of Liberty címmel. Egy másik, névtelenséget kérő korábbi konamis forrás szerint azonban a cég valójában nagyon is érdeklődött a projekt iránt, és "óriási csalódásként" élte meg, hogy végül nem lett belőle semmi.
A Wachowskiknak végül a Shiny Entertainment készítette az Enter the Matrix című játékot 2003-ban, majd két évvel később jött a The Matrix: Path of Neo és a The Matrix Online MMO. Hideo Kojima eközben maradt a Metal Gear univerzumnál, és 2001-ben kiadta a korszakalkotó Metal Gear Solid 2: Sons of Libertyt, ami - valljuk be - tényleg eléggé bejött neki.