A The Australian interjújában osztott meg pikáns részleteket a magánéletével kapcsolatban Gillian Anderson. Az eredeti X-akták színésznője elmondta, hogy férfiakkal és nőkkel is volt kapcsolata, de fiatal korában nem tudta igazán meghatározni saját szexuális identitását. Manapság, ha megkérdezik, pánszexuálisnak vallja magát, tehát nemtől, nemi identitástól és szexuális hovatartozástól függetlenül érez vonzódást.
Egy korábbi interjú során már elmondta, hogy középiskolás korában egy idősebb nővel volt titkos kapcsolata, most pedig hozzátette, hogy ezután is több nővel volt együtt, de közben a férfiakhoz is vonzódott.
A nőkkel való kapcsolataira viszont sosem úgy gondolt, hogy örökké fognak tartani. Anderson kétszer is házasodott: először az X-akták rendezőasszisztenséhez, Clyde Klotzhoz ment férjhez, majd a dokumentumfilmes Julian Ozanne-nal kötötte össze az életét. Jelenleg A korona showrunnerével, Peter Morgannel alkot egy párt.
Az 58 éves színésznő, aki legközelebb a The Boys from Brazil című minisorozatban lesz látható, így foglalta össze a helyzetét:
"Az a személy, akit életem párjának tekintek, történetesen férfi, de úgy gondolom, akkor is így éreznék, ha nő lenne. Azt érezném, hogy ő az életem párja."
Az X-akták egyébként hamarosan visszatér a képernyőkre, de mivel egy rebootról van szó, annak Anderson már nem lesz a részese. Akad viszont olyan alkotás is, amelyben ő is visszatért, még ha csak az egyik film egy újravágott verziójáról is van szó.
