Tim Bennison a következőkkel indokolta a döntést:
"A Prototype-ot a kezdetektől egy egy játékosra kihegyezett, nyitott világú akciójátéknak terveztük. Természetesen Alex mutáns alakváltó képességei miatt elkezdtünk azon gondolkodni, hogy mi történne, ha két prototípust hoznánk létre, és milyen többjátékos lehetőségeket építhetnénk ezen koncepció köré. Ahogy haladtunk előre a fejlesztéssel, egyre jobban elmélyültünk ebben a lehetőségben, de ennek ellenére - bár egy remek koncepció és sokat ad a játékmenethez - úgy döntöttünk, hogy nem tudnánk az egyjátékos módhoz hasonló minőséggel kidolgozni.
Azt szeretnénk, hogy a játékosok igazán elmélyüljenek a Prototype fő elemeiben: derítsék fel Alex múltját, ismerkedjenek meg minden képességével, fedezzenek fel minden titkot és több módon is végigjátszák a játékot. Mint láthatjátok, már így is rengeteg dologra kell odafigyelnünk, így szükségünk van minden erőforrásunkra, hogy elérjük, amit célul tűztünk: egy forradalmi, nyitott világú akciójátékot."