A Minim-ben minden pályán egy molekulát találunk, melynek atomjai különböző számmal vannak ellátva. Eleinte még egyszerűnek tűnhet, ám ahogy egyre előrébb haladunk, egyre sűrűbben fogjuk nyomkodni a "Restart level" gombot.
A cél annyi, hogy az azonos számmal ellátott atomokat összepárosítsuk úgy, hogy a végén csak egy atom maradjon. Az első pályákon csak sima kattintgatás az egész, ám később bonyolódnak a dolgok. Bejönnek a műveleti jeles atomok, amiket ha összepárosítunk egy sima, számos atommal, a játék a művelet eredményét jeleníti meg új atomként. Csak olyan műveleteket hajlandó elvégezni, amelynek eredménye egész szám lesz, ami 10-nél nem nagyobb (azaz 10 még lehet). Ha két atom közötti kötés kék lesz, akkor azok az atomok akárhányszor felcseélhetőek egymással, akárcsak ha piros lesz, ám ez esetben csak egyszer lehet megváltoztatni a helyüket. Egyébként a molekulát elforgathatjuk, az atomokat átrendezhetjük úgy, ahogy nekünk kényelmes, a lényeg csak annyi, hogy a pályát meg tudjuk oldani. Lehet elsőre bonyolultnak tűnik, ám hidjétek el, meg egyáltalán nem az (egy darabig...).
